東亞種業(yè)科研起始于1993年設立的東亞種子研發(fā)中心，下設13個(gè)育種所，涵蓋玉米、水稻、高粱、大豆、向日葵、蔬菜、馬鈴薯、林果等，試驗站和測試中心遍布全國。
擁有科技骨干約60人，包括多位業(yè)界知名博士和科學(xué)家；
與中國農業(yè)大學(xué)、中國農業(yè)科學(xué)院、遼寧省農業(yè)科學(xué)院、沈陽(yáng)農業(yè)大學(xué)等密切合作；
與科沃斯、拜耳、先正達、杜邦等廣泛合作交流；
至今累計研發(fā)投入約4.5億元；
95%以上的品種為自主研發(fā)，并擁有獨立知識產(chǎn)權；
主要研發(fā)機構包括：東亞現代種業(yè)研發(fā)中心（沈陽(yáng)沈北新區，60畝）、東亞種業(yè)國際種子研發(fā)中心（沈陽(yáng)清水臺，1800畝）、東亞種業(yè)海南繁育基地（三亞鳳凰鎮，80畝）、北美東亞種業(yè)研發(fā)中心（加拿大安大略省，630畝）

東亞現代種業(yè)研發(fā)中心由清華大學(xué)建筑設計研究院規劃設計，建有1.2萬(wàn)平方米的綜合研發(fā)樓和1000平方米的人工氣候室，配置儀器設備約400臺（套），投入經(jīng)費近2億元。研發(fā)中心設有玉米生物育種國家重點(diǎn)實(shí)驗室、農業(yè)農村部東北主要作物遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗室，劃分為六大功能平臺，不但可以提供植物基因組服務(wù)，也可在人類(lèi)和動(dòng)物基因組方面提供高通量DNA提取、SSR/KASP檢測、芯片檢測和精準醫療等服務(wù)。

東亞種業(yè)踐行科企合作模式，與中國農業(yè)大學(xué)國家玉米改良中心、北京市農林科學(xué)院國家信息研究中心和玉米研究中心、沈陽(yáng)農業(yè)大學(xué)、中科院沈陽(yáng)自動(dòng)化研究所等重點(diǎn)高校和科研院所強強合作，取得多項重要專(zhuān)利性成果。

自2006年參與國家火炬計劃至今，東亞種業(yè)承擔了農業(yè)農村部、科技部、發(fā)改委和省市各級政府部門(mén)的系列科研任務(wù)百余項，包括多個(gè)國家轉基因重大專(zhuān)項和技術(shù)攻關(guān)。